A me (al mio hosting in realtà) è successo in aprile. Un delirio, con google che mi ha schiaffato un bell'avviso nei risultati delle ricerche avvisando l'utente che il mio sito distribuiva software dannoso. Ti lascio immaginare il crollo delle visite.
Comunque controlla tutti i file del tuo sito con nomi tipo index. , banner. eccetera (in pratica quelli che più o meno tutti ripetono), cercalo nei vari file e togli quel codice il prima possibile
Non vorrei portare sfiga, ma il passaggio successivo a quella mail è l'inserimento temporaneo in una lista di siti "cattivi" in stopbadware.org.