"si usa" e` una parola un po' grossa, in un mondo dove ognuno fa a modo suo e non si puo` decidere per legge cosa e` meglio.

Chiaramente se i CSS son molti possono stare in una cartella a parte; se e` uno solo forse non vale la pena ...

Qualcuno li mette assieme alle immagini (che allora non sono piu` nella cartella "immagini", ma in una cartella "fileAssociati").
Qualcun altro li inserisce in una cartella assieme ai JS.
Altri li lasciano nella stessa cartella del HTML, con lo stesso nome del file html (ed estensione diversa).

Inoltre aggiungo ...
l'ordine dei file deve rispecchiare l'ordine mentale (dell'autore) ... e con questo non aggiungo altro.