Diamine, ci sono errori nei tag <script> che contengono del js, come pensi possano non avere influenze sul resto del funzionamento di js...

E comunque, lo script che hai inserito è un mostro storico di complessità immane, che addirittura contiene delle parti per Netscape 4 (Netscape 4! un browser del 1998, capisci, 1998... sono passati quasi 10 anni e nessuno lo usa più!) e non credo che nessuno vorrà mettersi a cercare per te quale sia lo specifico bug che potrebbe anche essere causato dalla compresenza di due diversi script nella stessa pagina...

O cerchi di capire tu dove si trova, procedendo per gradi, correggendo prima l'html, poi verificando che i javascript non diano errori, e poi andandoti a capire come funziona quella mostruosità di JS che hai usato, e magari mettendo il menu da solo in una pagina di test, o non riuscirai nel tuo intento...

Per capirci, non è cattiva volontà, ma per debuggare un menu in js di 9 anni fa, ci vuole una MAREA di tempo: se dovessi valutare a spanne direi non meno di DIECI ore lavorative, per fare una cosa che non ha senso...

Senza contare che per come sono fatti i motori di ricerca, quel menu solo in javascript è un invito ad ignorare tutte le pagine interne del sito...

Insomma, personalmente mi sento di consigliarti di rivedere completamente il modo in cui costruisci quel menu...