non dici come lo stai trasferendo e nemmeno su quale server.
Normalmente tutti i siti che supportano l'upload FTP gestiscono l'auto-resume (APPenD) il che significa che se c'è spazio disponibile sulla cartella (ovvero nessuna limitazione su spazio / limitazione su dimensione di singolo file) normalmente il client FTP è in grado di accodare dal punto in cui l'upload s'è interrotto.

in alternativa, per quanto indivisibile possa essere il file, lo puoi dividere in winrar e poi ricongiungerlo sul pc una volta scaricato.
ciauz
mau