puoi fare un css che si comporta come un file php, quindi:

file css.php
codice:
<?php
header('Content-type: text/css');

$bgcolor = array('red', 'black', 'green');
shuffle($bgcolor);
?>

body {
  background-color:<?php echo $bgcolor[0]; ?>
}
cosi avrai un css che assegna come background-color del body un colore casuale tra rosso nero e verde.

Quello che ti resta da fare e richiamarlo con i normali comandi html per includere i css, l'unica differenza sarà che il file avrà estensione php anzichè css.

ciao