ho trovato un riferimento ad un bug dell'applicazione che pare proprio ricalcare il tuo caso, ulteriori informazioni le trovi qui

a quanto pare bisogna andare a mettere mano alla configurazione

codice:
Here is one possible solution for several problems...
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[symptoms]
     - (un-)installation of mldonkey-server fails
     - startup at boot of mldonkey-server fails

[message]
      - install: invalid option -- f
      - or nothing at boot

[solution]
        Modify file /etc/init.d/mldonkey-server

        1.) replace

                PIDFILE=/var/run/$NAME.pid
        with

                PIDDIR=/var/run/mldonkey
                PIDFILE=$PIDDIR/$NAME.pid

        2.) replace

                install -o mldonkey -g mldonkey -m 755 -f $PIDFILE

        with

                install -o mldonkey -g mldonkey -m 755 -d $PIDDIR