Scusa, ho letto meglio ora.. ma index e index2 sono sullo stesso livello? (root)??
Perchè l'nclude lo scrivi diverso? perchè cerchi di tornare indietro di un livello quando non è possibile?
require_once("inc1.php"); deve funzionare in entrambe.. a meno index2 non sia dentro (oddio che cosa blasfema per uno cresciuto con Walt Dysney! ) minnie.. ma non credo sia così.
Comunque non c'è niente di cattivo nell'usare il document_roor..