Puoi fare un test tra la tua scrittura attuale e qualcosa del genere
codice:
$values = "";
for ($i = 0; $i < 1000; $i++) {
  $variabile += $i;
  $values .="(".$variabile."),";
}
$values = substr($values,0, strlen($values)-1); //tolgo la virgola in eccesso alla fine

$result = mysql_query("INSERT INTO tabella (variabile) VALUES {$values}";
e vedere quale è più veloce.