Puoi impostare un campo per ogni checkbox. Se usi mysql non hai il tipo di dato BIT a parte le versioni piu recenti, ma puoi usare il tinyint (come un INT, che però ammette valori piu piccoli e occupa meno spazio.. vedi sul manuale di mysql per i dettagli)

Oppure usando un unico campo INT puoi giocartela lavorando con gli operatori bitwise
http://php.html.it/articoli/stampa/9...hp-per-ottimi/

Dipende anche dal significato di tutti quei checkbox