Che vuol dire che se li deve prender da solo?
es.leggiFile(args[0],args[1])
Presuppone che li passi da console. Inoltre e' buona norma fare un controllo sulla lunghezza di args e stampare un messaggio di errore se non e' quella desiderata.
L'errore te lo da perche' non passi argomenti, args ha lunghezza 0 e quindi quando tenti di accedere a args[0] e args[1] sollevi l'eccezione.