windows utilizza i backslash \ per identificare i percorsi, mentre il resto del mondo usa lo slash /

per cui un percorso indicato come:
cartella\sottocartella\file.php

diventerebbe
cartella/sottocartella/file.php

normalmente sul web i percorsi vengono indicati con lo slash, per cui dovresti essere già a posto.

Se hai usato qualche percorso assoluto (c:\blabla) evidentemente dovrai correggerlo, ma questo vale quasi sempre quando si cambia hosting, indipendentemente dal sistema operativo che c'è sotto.

Se carichi estensioni tramite dl() ricordati che su windows hai delle dll, mentre su unix hai l'estensione so, per cui da php_gd.dll a gd.so (trovi altri riferimenti sul manuale di php)

Altre differenze riguardano l'utilizzo di funzioni specifiche del sistema operativo (un qualche eseguibile richiamato con exec() oppure variabili d'ambiente particolari che trovi in $_ENV)

Per cui riassumendo, se non hai usato funzionalità specifiche di windows, il passaggio dovrebbe essere indolore
Chiaramente verifica che i settaggi del php.ini siano uguali/simili, ma anche questo non riguarda esplicitamente il sistema operativo