E' sempre possibile splittare il file .sql in due blocchi....

per quanto riguarda la dimensione del file da caricare controlla nelle pagine php di phpmyadmin e vedrai che di suo esegue delle istruzioni per il dimensionamento dei file da caricare. E' per questo che e' inutile agire sul php.ini

mi pare che sia possibile, ma non ne sono certissimo, che si possa impostare la dimensione del file in una dei file di configurazione di phpmyadmin stesso.