Forse hai modificato il boot di windows in modo che non rilevi più mouse e tastiera (non so nemmeno se sia possibile).
Prova in modalità provvisoria o magari con un dischetto di dos a vedere se funzionano?
se nemmeno funziona allora prova a cambiare scheda madre
perche se non vanno neanche la tastiera USB, che windows riconosce all'avvio non è un problema solo delle porte ps2.