potresti fare tutto con una sola query UPDATE a condizione di usare la data nel formato previsto:
yyyy-mm-dd

codice:
// esempio
$data_fissa = '2007-01-01';
$data_start = '2006-03-01';

UPDATE tabella set 
conta = datediff('$conta_in', $data_start')  
WHERE data_in >= '$data_fissa'