Forse una soluzione l'ho trovata utilizzando gli UpdatePanel di Ajax e le Multiview. La pagina principale (quella con il menu) contiene un UpdatePanel dentro cui c'è una Multiview. Ogni vista della Multiview contiene una sezione differente del sito. Ogni pulsante del menu cambia il ViewIndex della MultiView la quale, trovandosi in un UpdatePanel, genera una chiamata asincrona che modifica solo la sezione e non il resto.
Per ora l'ho provato con dei semplici linkButton e funziona, ma adesso devo comandare tutto da flash!

Se avete qualche idea è ultra ben accetta, nel frattempo vi ringrazio infinitamente per il supporto!

Ciao