Credo sia dato dal posizionamento relativo.
Se leggi nella guida circa i posizionamenti ne parla, proprio dello spazio bianco di cui parli anche tu.
Io ho risolto un problema simile impostando reltive per il suo box contenitore senza margini o altre impostazioni, ed absolute per quello invece che non si posizionava in maniera corretta.
Comunque sia dai un'occhiata alla guida sui posizionamenti dei box, relative nello specifico.

Ciao