Il problema JS lo devi risolvere chiedendo altrove.

Per quanto riguarda il CSS, dipende da come sono posizionati i vari elementi.
Per sovrapporre un blocco ad un altro si usa l'attributo:
z-index
(da assegnare con valori diversi ai due blocchi: il piu` alto si vede, l'altro sta sotto)

Oppure potrebbe essere un problema di visibilita`, che puoi definire conuno dei seguenti:
visbility: hidden; /* in alternativa a visible */
display: none; /* in alternativa a block o inline o altri */

Tutti gli attributi CSS si possono settare dinamicamente da JS (notare il gioco delle maiuscole che sostituiscono il - negli attributi CSS):
OGGETTO.style.zIndex = ...;
OGGETTO.style.visibility = "...";
OGGETTO.style.display = "...";