Non ho idea se ci siano algoritmi giā fatti cmq io in questi casi userei la shell di linux. Mi sembra di capire che tu voglia escludere tutte le righe che abbiano

Codice PHP:
email\@dominio.it|email\@dominio.it|1 
non č php cmq
se io ho capito bene e hai linux prova a lanciare questo comando

codice:
egrep -v "^([^\|]+)\|\1" myfile.txt > mynewfile.txt