serve l' oggetto event e verificare da quale elemento e' scaturito l' evento,
procedendo solo in caso non sia scaturito dall' input
codice:
<script type="text/javascript">
function funzione(e){
	e=e||window.event;
	var source=e.target||e.srcElement;
	if(source.tagName.toLowerCase()!='input'){

		// fai quello che devi fare, per esempio:
		alert("click sul div ma non su checkbox");

	}
}
</script>
codice:
<form>
<div onclick="funzione(event)">ciao <input type="checkbox" /> mondo</div>
</form>
ciao