Nella funzione di check che dovresti avere all'onsubmit del form aggiungi qualcosa del genere:

codice:
if (rifermento_tuo_form.nome_azienda.value != "" && riferimento_tuo_form.partita_iva.value == "") {
  alert("Attenzione: se stai registrando un'azienda devi anche\nspecificare la partita iva");
  riferimento_tuo_form.partita_iva.focus();
  return false;
}
Chiaramente il controllo potrebbe essere più accurato e specifico, per esempio utilizzando una regex per controllare la validità della partita iva piuttosto che facendo il controllo solo sulla compilazione o meno con qualsivoglia dato.