La compilazione in eclipse avviene "automaticamente" una volta che hai creato il tuo servlet e indicato nel java build path tutti i .jar di cui hai bisogno per la compilazione stessa (Ovvero servlet-api.jar, etc.)

Un metodo decisamente migliore (Ne vale la pena visto che e' molto semplice...) puo' essere quello di scaricare il plugin della sysdeo (Mi pare si chiami cosi') che permette proprio di creare applicazioni web "direttamente" nel tuo ws senza dover andare a infognarti in WE-INF/...

Ti crea inoltre tutte le cartelle e sottocartelle in cui verranno messe le risorse dinamiche e quelle statiche e ti permette di avviare/fermare tomcat direttamente dalla "console" di eclipse.

Uno strumento utile e semplice... anche se per ora l'ho utilizzato piuttosto poco.