Trovata una bella guida ma non è quella che conoscevo io.

Comunque, il comando sottostante fa proprio quello che vuoi.

$ mogrify -format png *.gif[Invio]

Converte i file che si trovano nella directory corrente e terminano con l'estensione .gif in file di tipo PNG, creando una copia degli stessi file con estensione .png.

La guida tratta anche di convert e tante altre cose

P.S. La guida è poi "Appunti di informatica Libera" dove c'è di tutto e di più ...