Tua ipotesi
Non direi proprio. Quando includi un file infili lo script esattamente nel punto in cui hai messo il require o l'include. Pero' attenzione..... i path definiti nel file che includi devono tener conto di dove andranno a finire e non di quello in cui sono posizionati loro.

per i NOTICE si posso "nascondere" ma e' un errore farlo. Se presenti uno script con dei NOTICE il tuo valore viene immediatamente declassato. Personalmente rifiuto qualsiasi script che si presenta con un notice (es.: per i marpioni ... l'installazione di DRUPAL - chiusa parentesi) perche significa una programmazione superficiale che non da garanzie di sicurezza per come e' stata sviluppata.

Quindi nascondere e' diverso da eliminare.

per nascondere basta settare nel php.ini:

error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE

per eliminarli devi usare la funzione isset() oppure empty() a seconda del bisogno.

es:

if(isset($var) oppure if(!empty($var)