Sul fatto di cosa sia meglio, sinceramente non me la sento di sbilanciarmi. Tomcat funziona con piu' connessioni contemporaneamente senza dare problemi. Di default Tomcat pubblica sulla porta 8080, ma e' possibile farlo rispondere sulla 80 modificando un file di configurazione.
Magari hai bisogno di un server sul quale mettere un applicazione java, un sito fatto in php, insomma vari siti/applicazioni che sfruttano tecnologie diverse. In questo caso ti serve sicuramente apache.
Se devi solo sviluppare un applicazione jsp/servlet puoi benissimo lavorare solo su tomcat con il tuo pc. Poi se questa applicazione andra' effettivamente a finire su un pc server che avra' Apache o qualcosa di simile con tomcat integrato, a te questa cosa non importa, perche' ti bastera' copiare l'applicazione dentro il tomcat integrato.
Insomma dipende dalle tue esigenze.