Nel php.ini c'è una voce, include_path, che contiene l'elenco delle cartelle in cui cercare quando viene richiamato un include o un require

Qualcosa del genere:
include_path = ".:/percorso/pear_admin"

in sostanza hai un elenco di directory separate coi due punti (la directory "." è la directory in cui ti trovi)

Se non puoi mettere mano direttamente al php.ini, usi la funzione ini_set()
www.php.net/ini_set
che ti consente di impostare "al volo" alcuni parametri del php.ini