nvm, ho risolto io
se qualcuno dovesse avere lo stesso problema, ho cambiato il codice in questo modo e funziona perfettamente:

Codice PHP:
        $f_arr file($list);
        
$newlist fopen($list."_temp","w");
        
$isfirstline true;
        
$count count($f_arr);
        for(
$i=0$i<$count$i++)
        {
            
$f_arr[$i] = trim($f_arr[$i]);
            if (
$isfirstline == true) {
                
$isfirstline false;
                
$toparse_name $f_arr[$i];
            } else {
                
fwrite($newlist,$f_arr[$i] . "\n");
            }

        }