Se n'è già parlato altre volte: la trasformazione tra applicazione stand-alone e (j)applet non è sempre un processo immediato, la maggior parte delle volte per vie di accessi a risorse a cui, normalmente, un applet non può accedere (per motivi di sicurezza).

La cosa che generalmente resta identica è invece proprio la parte grafica. Non serve assolutamente creare una japplet per ogni frame/finestra della tua applicazione, in quanto japplet può benissimo utilizzare altri container (tipo window, jframe e jpanel).
La prima modifica che devi fare è modificare la tua classe principale in modo che estenda JApplet. Le applet a parte il metodo init() possono benissimo avere costruttori e pure metodo main (personalmente lo metto sempre, così se qualcuno dovesse provare ad aprire l'applet da shell posso mandare un messaggio d'avviso dicendo appunto che si tratta di applet e che va eseguita in browser o appletviewer)