mi sembra quasi impossibile che il virus abbia danneggiato l'hard disk fisicamente, quindi penso che con la formattazione si possa tranquillamente risolvere...
ho avuto anch'io un problema simile, ho formattato e tutto si è risolto...
explorer.exe non si avviava, e se lo avviavo manualmente si chiudeva all'istante...
tutto è stato risolto formattando...