uno script php quando apre una connessione su un database abbandona l'altra.

non credo tu possa fare questo, cioe' aggiornare due database contemporaneamente e poi eseguire un commit o rollback su entrambi a seconda di come sono andate le cose. prova a settare autocommit = 0

set autocommit = 0

Ci sono dei tools (non free, almeno credo) che si occupano di sincronizzare due database su server diversi.