mi sa che non capito molto di quel che ho detto oppure hai progettato proprio male l'applicazione in finestre

Lanciare una nuova applet per ogni finestra della tua applicazione è l'equivalente stand-alone di aprire una nuova finestra di DOS e lanciare un "java nomeFrame" per ogni finestra... ora io non voglio proprio pensare né credere che se hai un'applicazione con 20 dialogs, 100 voci di menu e qualche dozzina di tabs il tuo utente debba lanciare millemila istanze di millemila classi... sarei più propenso a credere che dalla classe principale della tua applicazione tu sia in grado di istanziare tutte le finestre di cui la tua applicazione ha bisogno.

Tornando a noi, prendi la classe principale, falle estendere JApplet e comincia da lì.