è improbabile che il codice che hai scritto funzioni, l'interprete javascript non è in grado di capire codice php. Quello che devi fare è scrivere un programmino lato server (per es un cgi nel linguaggio che preferisci o php) che invii al client un file testo che possa essere interpretato dalla innerHTML, e che quindi deve essere in HTML, e che ne rispetti le regole. In alternativa puoi inviare un file xml che venga poi interpretata attraverso le funzioni dom di js.
ciao
sergio