Significa che hai più file o parti dello stesso file o entrambe le cose che indicano che stanno usando una stessa parte del disco. Ogni parte di disco deve appartenere ad un solo file o a nessun file. Se gli dici di clonarle in pratica ricopia il contenuto ed assegna ad ogni richiedente una copia.
Alla fine di e2fsck ti viene restiuito un codice d'uscita.. cosa ti aveva dato?