una risposta precisa non te la so dare però ipotizzo:
in /etc/init.d c'è lo script che lancia samba all'avvio, potrebbe essere definito li

poi mi pare di ricordare che in smb.conf nella sezione [general] di solito per motivi di sicurezza si inserisce
invalid users = root
puoi aggiungere utenti qui per un utilizzo tipo black list ma cmq questo non è riferito all'utente con cui gira il server piutosto a quelli che possono accedere ai vari volumi
volendo puoi utilizzare la stessa direttiva al'interno dei volumi

spero di esseri stato utile