credo che l'aggiornamento sia riferito al solo database. Su windows l'aggiornamento non esiste in quanto tale, esiste la nuova release che durante l'installazione (se viene usata la stessa cartella) trova la vecchia versione e provvede a cancellarla da se. Non so su linux.

In sostanza bisogna passare per le release punto to punto... cioe' non passare il db da un relesae 3 a 4.1 o 5.0... e forse manco da 4.0 a 5.0.

si installa la nuova release e si esegue il restore delle tabelle. Queste verranno adeguate alla nuova struttura prevista dalla release. E cosi' via. In pratica saltare un punto di release potrebbe procurare guai imprevedibili al database, come anche no... dipende da come sono strutturate le tabelle. Passando il db di punto in punto problemi non ce ne sono.

occhio poi anche a come sono formate le query sql. Certi default o altre impostazioni non sono piu' tanto permissive come prima.