Ubuntu dispone di un tool "Gestore aggiornamenti" che va ad interrogare i repository tramite apt-get update e verifica se al loro interno esistono pacchetti aggiornati da installare sul nostro sistema...
Questo avviene in maniera automatica!

Se vuoi agigornare automaticamente il tuo sistema puoi utilizzare i seguenti comandi:

apt-get update (che aggiorna la lista dei pacchetti contenuti nei repository)

apt-get upgrade (che aggiorna i tuoi pacchetti)

Non capisco cosa intendi per
"Gestore aggiornamenti oppure Aggiornare i pacchetti?"
E' ovvio che se aggiorni con gestore aggiornamenti aggiorni i pacchetti!!!
Non ti seguo...