Prova questo:

<script>
var counttime=0;
var timeout=5000;/*cioè 5 secondi*/


document.onkeyup=function(){
counttime=new Date().getTime();
};

function checkKeyup(){
if( new Date().getTime() - counttime > timeout){
alert('Timeout superato');
};
}

setInterval("checkKeyup()", timeout);
</script>

Ti ho messo il timout a 5 secondi anzichè 2. Se il tempo stabilito è superato senza keyup, lancia un alert. Nel tuo codice al posto dell' alert puoi mettere quello che vuoi, quel che è importante per il tuo scopo è intercettare l'addivenire della condizione.