Consiglio di iniziare a sapere che cosa vuoi fare. Di programmi, come hai ben capito, ce ne sono a bizzeffe e per giunta sono pure tutti più o meno simili tra loro. Quello che conta è sapere dove vuoi arrivare. In realtà in tutti gli ambienti di lavoro, le varie tipologie di software s'incotrano e s'incrociano andando a braccetto insieme: spesso la differenza non la fa il programma, ma le nozioni specifiche del grafico.

Più che software ti consiglio dei libri che non sono legati a software specifici, ma a tecniche e metodi. Su internet puoi sicuramente trovare moltissime informazioni, ma sono spesso o semplici tutorial (che lasciano molto il tempo che trovano) o informazioni frammentarie e non corrette. Questi volumi sono costosi ed in alcuni casi impegnativi da studiare, ma ti danno le basi nozionistiche e concettuali che servono per affrontare il lavoro o l'hobby del grafico. Le informazioni presenti in tutti questi testi sono utilizzabili indipendentemente dal programma a disposizione.

Abecedario del grafico
La progettazione tra creatività e scienza
Michele Spera
Gangemi Editore
ISBN 88-492-0789-1

Photoshop professionale
La guida completa alla correzione del colore
Dan Margulis
Hoepli Informatica
ISBN 88-203-2796-1

Animazione digitale
George Maestri
McGraw Hill
ISBN 88-386-4224-9

XML, HTML, XHTML Magic
Molly E. Holzschlag
Pearson Education Italia

Oltre a questi ti consiglio i tre volumetti del Corso di fotografia della National Geographic e per impare a programmare ad oggetti con metodo (cosa che è molto utile per il web design o per gli script di programmazione dei software di animazione e 3D)
Java
Fondamenti di programmazione
H.M. Deitel e P.J. Deitel
Apogeo Education
ISBN 88-503-2388-3