Si sarei in grado, comunque io memorizzerei l'ora "di arrivo" nel database (supponendo tu usi un database, altrimenti un file txt va benissimo), e utilizzo quel numero come riferimento per il calcolo del raggiungimento di un dato livello o per la costruzione di un edificio o quello che vuoi.
Se vuoi mostrare al giocatore il tempo mancante, all'apertura della pagina, prendi l'ora target memorizzata e con javascript mostri un conteggio indietro (calcolando "ora target - ora attuale"). L'ora mostrata ovviamente non sarà vincolante per lo script, è solo per "intrattenere" il giocatore, l'ora vincolante è quella del database.
E' il metodo utilizzato da oGame ed altri.
Un sistema che faccia il conteggio "live", oltre ad essere estremamente pesante, richiederebbe moduli esterni come CRON e comunque non sarebbero affatto affidabili, per perdere una parte del conteggio basta che la pagina non si apra istantateamente, cosa molto probabile.