si infatti...il mio problema è proprio quello!
Avevo pensato alla soluzione da te proposta, ma come hai ben detto tu è limitata alla stringa massima dell'url (che se non sbaglio e i canonici 256 caratteri) e si tratterebbe di una richiesta di tipo GET.
Una soluzione invece, potrebbe essere una richiesta http (dall'applet) tramite POST con all'interno la stringa o gli oggetti selezionati....ma non so in java come si fa.
Guardando qua e là penso che si tratta di aprire uno Stream...ma non sono ancora molto ferrato in materia...sia su come aprirlo (dall'applet) e su come gestirlo dalla JSP. Anche se penso che dalla JSP non dovrebbe essere difficile in quando dovrei ritrovarmi i dati passati nell'oggeto request.