Premesso che secondo me hai molta confusione, oppure ti sei spiegato male in particolar modo ([img]images/spacer.gif[/img]) se un immagine è gif rimane gif.(e sicuramente non la modifichi con un filtro x ie)
Comunque la prima domanda è come la vuoi eseguire la trasparenza? (solo x immagini png)
1) Tramite javascript leggi qui
2) Tramite css, cerca nel forum dedicato argomento trattatissimo.