L'utilità maggiore di sudo sta nell'attribuire poteri di amministratore parziali a determinati utenti o gruppi.
Puoi usarlo per esempio per dividere il lavoro di amministrazione fra più persone, permettendo di eseguire ad un utente alcuni comandi di root piuttosto che altri.

edit: io uso sia sudo che su, dipende da cosa devo fare e quale rimane più comodo. Un'altra cosa da notare è che vista anche la struttura di sudo, è da considerarsi più sicuro che attribuire un bit suid.