hauhahuauauh che fighi i programmi per windows!
scherzi a parte, usa dmcrypt che è compatbile sia windows che linux

puoi criptare un file grosso (es. 10gb) da montare come se fosse un disco removibile
oppure un'intera partizione

su linux basta dm-crypt howto in google
ed ecco il sw per windows: http://en.wikipedia.org/wiki/FreeOTFE

ciao!