Questo succede perche' il codice che scrivi e che riguarda gli oggetti di Excel *deve* fare riferimento al primo oggetto che e' stato aperto (appExcel di tipo Excel.Application). Altrimenti vengono create automaticamente delle istanze di Excel su cui non hai controllo.

Intendo dire che dovresti scrivere, ad esempio

Set cartExcel = appExcel.Workbooks.Add

e cosi' via ...