Non ho mai usato RewriteBase, però se in locale ti serviva e in remoto dà problemi, forse il problema sta lì!

Sarebbe da capire come mai dà problemi in remoto, ma su questo purtroppo non ti so aiutare. Semmai ti chiedo la cartella MUSEO come si inserisce nel tuo sito... intendo: tutti gli script stanno lì dentro? E che errore ti dà in remoto se non la commenti? Internal server error, codice 500?

In generale ti consiglio di fare più attenzione ai dettagli: se devi togliere o modificare delle cose (tipo aggiungo .php, commento la regola, ecc) che prima servivano senza capirne il motivo, forse significa che c'è un problema.