recuperi il value della select, e lo usi come base-path del file di destinazione per move_uploaded_file

codice:
$basedir = "/var/www/tuosito/htdocs/cartella_base_di_upload/".$_POST['select_dir_upload']; //aggiungi l'eventuale "/" alla fine, se non viene passata dalla select

@move_uploaded_file($_FILES['fileUploadField']['tmp_name'], $basedir.$_FILES['fileUploadField']['name']) or die ("Errore di Upload");