La compatibilità non dipende dal programma ma dal protocollo supportato dal programma. Kopete credo supporti solo MSN, Pidgin ne supporta veramente tanti (yahoo, jabber, msn, icq, irc, ...).
Se non usi solo MSN ma anche protocolli, ti consiglio di fare come faccio io che uso solo pidgin: con un programma solo gestisco tutti i miei account.

edit: che tempismo, kruskaiev