Un repiository può essere visto come un contenitore di pacchetti deb e può essere disponibile via internet, su una risorsa di rete, su un CD ecc.
vedi http://linuxpedia.netsons.org/index.php/Repository

Un pacchetto è un sofware compilato che può essere installato direttamente tramite il package manager della tua distribuzione. Trattandosi di Ubuntu i pacchetti hanno estensione .deb e possono essere installati tramite apt-get

Non ho capito a cosa ti server l'accesso via FTP in quanto i repository sono tutti accessibili via HTTP....
Penso che il tuo problema sia un altro...

Dacci più dettagli sulla tua rete, proxy ecc...