se vuoi fare come chiedi devi usare un approccio diverso, ossia fare effettivamente un array bidimensionale

quello che stai facendo attualmente è di innestare all'interno di ogni indice dell'array un oggetto con degli elementi e se non ricordo male non ci sono proprietà tali da poter verificare il numero di elementi contenuti in un oggetto

sfruttando quanto ti ho detto nel primo periodo del post, dovresti avere una roba del genere

Codice PHP:
myarray[0] = [1,2,56,54];
myarray[1] = [1,2,5];
myarray[2] = [1,2,52,12,4];
myarray[3] = [1,2];

trace (myarray[0].length); // output: 4
trace (myarray[1].length); // output: 3
trace (myarray[2].length); // output: 5
trace (myarray[3].length); // output: 2