..sei sicuro che sia un problema di permessi dei files ???
Il CVS prima di eseguire qualcosa fa un controllo che l'utente sia tra quelli ammessi ad accedere al CVS.. poi poer quanto riguarda i permessidei files puoi anche dirgli che l'utente X ha l'accesso abilitato al CVS ma che si presenti come se fosse Y per quel che riguarda l'accesso fisico al disco..

Io uso webmin per configurare tutte ste cose...