credo che per fare quello che vuoi tu devi crearti (dal DVD originale) il relativo file .iso, aprirlo, aggiungerci le patch che ti interessano, ricreare l'iso. Un pò come modificare e rimasterizzare la knoppix.
Poi ovviamente bisogna vedere cosa c'è sul DVD che ti interessa, cioè se c'è un unico file compresso o se i vari soft sono in files non compressi, ecc...
Ad esempio, per chiarire le idee, nella knoppix, c'è una serie di file (quelli relativi al boot, la tastiera, ecc...) non compressi, poi c'è un file KNOPPIX di quasi 700 MB (per il CD) che è un file compresso e che avviando la knoppix come "live" viene decompresso "al volo". Se si tratta di modificare l'impostazione della tastiera e di altre impostazioni al boot è abbastanza facile (sono riuscito a farlo) in quanto si tratta di modificare i file non compressi, se invece si vuole modificare dei file dentro il file compresso è assai più complicato (possibile comunque, visto che della knoppix c'è in giro un sacco di rimasterizzazioni, in cui sono stati sostituiti svariati programmi...). Infine, ovviamente, si deve ricreare la .iso, ma basta un comando (anche se lungo e complicato).
In conclusione, la prima cosa da fare è vedere cosa c'è su sto DVD. e dove devi mettere ste patch.

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